O Linux, sistema operacional, e seus emuladores são frequentes possíveis escolhas para análises bioinformáticas de profissionais da área em razão de sua flexibilidade, sua eficiência e suas ferramentas utilizadas para processos complexos. Mas, como dar os primeiros passos no uso do Linux para explorar todo o seu potencial em bioinformática? Este guia tem a finalidade de fornecer orientações detalhadas e dicas para se iniciar o manuseio do Linux para que se possa explorar o seu máximo potencial!
A instalação e configuração adequadas das ferramentas são etapas chaves para garantir o começo do fluxo de trabalho. O Linux oferece diversos gerenciadores de pacotes, como o apt-get, yum ou mesmo o versátil conda, que possibilitam a instalação de banco de dados, tal qual o BLAST e o ClustalW, além de softwares, como o SAMtools. Muitas vezes, ferramentas mais especializadas localizadas em repositórios GitHub, como as que fazem filtragem (trimmomatic e filtlong) e as que realizam montagem (flye) podem ser acessadas no Linux, através do comando git clone ou wget, por exemplo.
Comandos, como grep (que procura padrões de arquivo), awk (que filtra colunas e cria lógicas para manipular) e sed (que edita fluxos e faz filtragem), manipulam dados de arquivos FASTA ou FASTQ, que são muito presentes no processamento de análises bioinformáticas. Além disso, criar atalhos, como no Bash ou no Zsh, otimiza tarefas repetitivas, uma vez que economiza tempo que poderia ser gasto com mais passos.
A automação é outra vantagem significativa oferecida pelo Linux. Desenvolver scripts Bash para realizar alinhamentos em lotes ou utilizar linguagens como Python e R permitem resolver problemas. Por exemplo, Python com a biblioteca BioPython e R com o BioConductor realizam análises avançadas, como anotação genômica ou visualização de dados.
Concluindo, o Linux é uma ferramenta poderosa para bioinformatas que buscam flexibilidade e eficiência. A adoção de boas práticas na instalação de ferramentas, uso da linha de comando, automação, gerenciamento de recursos e otimização de desempenho certamente contribuirá para análises bioinformáticas mais rápidas e precisas. Aproveitar essas possibilidades é um passo de início para dominar o fascinante campo da bioinformática.
A Protos Biotec Jr. oferece o serviço de análises bioinformáticas, utilizando de sistemas operacionais, como o Linux, para estabelecer a checagem, a filtragem e a montagem de arquivos que foram sequenciados. Está interessado ou interessada? Contate-nos!
Referências
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