A Bioinformática consiste em uma área interdisciplinar que engloba a biologia molecular e genética, ciência da computação, matemática e estatística. Nela, os entraves biológicos com o uso intenso de dados são contemplados a partir de uma óptica computacional. Por tratar-se de um campo recente, existem questões a serem melhoradas, técnicas para serem desenvolvidas para que, assim, seja possível ampliar o estudo de estruturas moleculares.
Nesse contexto, o APAtizer configura-se como uma inovação dentro dessa campo, trata-se de uma ferramenta capaz de analisar eventos alternativos de poliadenilação em dados de sequenciamento de RNA, ela permite, também, o usuário gerar visualizações informativas, como gráficos de vulcão, mapas de calor e listas de genes. Além disso, seu modo de utilização é simples e a ferramenta está disponível gratuitamente.
Dentro do contexto de inovações, há também um pipeline automatizado em Perl capaz de realizar a análise integrada de elementos transponíveis (TEs) e repetições em tandem de genomas complexos. Nele, utiliza-se TRF, LTR Finder e RepeatModeler para detectar repetições em tandem e transposons no genoma, TRAP na categorização das repetições em conjuntos, NCBI BLAST para comparar as repetições com sequências conhecidas para identificá-las, e RepeatMasker mascarar regiões repetitivos e gerar arquivos prontos para serem analisados. Com isso, facilita-se a análise de elementos repetitivos, os quais dificultam a montagem do genoma e são essenciais no estudo de polimorfismo, evolução e melhoramento genético.
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REFERÊNCIAS
Can, T. Introdução à Bioinformática. In: YOUSEF, M.; ALLMER, J. (orgs.) miRNomics: Biologia de MicroRNA e Análise Computacional. Totowa, NJ: Humana Press, 2014. (Métodos em Biologia Molecular, v. 1107). DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-62703-748-8_4
SOUSA, B et al. APAtizer: uma ferramenta para análise alternativa de poliadenilação de dados RNA-Seq, Bioinformatics, v. 40, ed. 11, nov. 2024. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae689
BRITO, Lucas Soares de et al. Highly efficient pipeline to perform integrated analysis of transposable elements and tandem repeats in complex genomes. In: ENCONTRO DE PESQUISA E INOVAÇÃO DA EMBRAPA AGROENERGIA, 3., 2016, Brasília. Anais […]. Brasília: Embrapa Agroenergia, 2016. Disponível em: <https://www.researchgate.net/publication/310058630>. Acesso em: 14 jun. 2025.